Одна из сложностей, возникшая в финансовой части русско-американской компании, была связана с выплатой дивидендов. Она вытекала из того, что, во-первых, существовало несколько версий ее основного баланса, а также тот факт, что все активы компании были разбиты на несколько частей. Кроме того, все подсчеты абсолютно не принимали во внимание амортизационные издержки. Не способствовал стабилизации компании и спор, возникший по поводу количества шкурок, хранившихся на Северных островах. Кроме того, Резановым было предложено достаточно сильное сокращение активов русско-американской компании посредством исключения некоторых статей баланса, однако директорам удалось отстоять свою точку зрения. Таким образом, все сложности, которые касались финансов и хозяйства русско-американской компании, уходят корнями еще к моменту ее основания, когда было много непроясненных вопросов относительно организации и акций. Кроме того, возникновению проблем способствовала путаница между паевой и акционерной системой. Данные вопросы были решены только к 1804 году.
Немалую роль в отношении финансов и хозяйства компании сыграло также то, что государство совершенно не вмешивалось в ее деятельность, не выполняя таким образом функцию экономического контроля. Безусловно, компания не являлась государственной, однако это не означает, что за ней полностью должен отсутствовать контроль. Тем не менее, русско-американская компания являлась уникальным явлением в деловой сфере России восемнадцатого века. Она стала первым в истории страны монополистом. Кроме того, директора компании нередко подчеркивали, что перевод ее в государственную повысит расходы на содержание русских колоний на Аляске. Еще одной проблемой, сопряженной с деятельностью русско-американской компании, была утрата доверия со стороны акционеров, возникшая вследствие неразберихи с бумагами, которая привела к практически полному их обесцениванию. Таким образом, хотя и медленно, компания постепенно наладила финансы и хозяйство, а трудности, возникавшие в дальнейшем, уже не могли привести к ее полному упадку, как это чуть было не произошло в начале девятнадцатого века.