Падение Якутата, которое стало одним из тяжелейших поражений за всю историю Русской Америки, происходило в несколько этапов, а среди его причин можно назвать несколько, причем многие из них были практически полностью идентичны тем, которые приводили к бесконечным столкновениям с племенем тлинкитов на острове Ситка. Очевидно, руководство русских колоний на Аляске не могло или не хотело делать выводы. Необходимо заметить, что в отчете о трагических событиях на Якутате виноватыми были сделаны индейцы, которые якобы обладали болезненной жестокостью. Что касается действий со стороны русских колонистов, то они были объявлены просто-напросто жертвой обстоятельств, однако, если объективно разобраться в данном вопросе, становится понятно, что это, мягко говоря, не совсем так.
Одной из основополагающих причин трагедии было то, что русские колонисты злоупотребляли своей властью, полностью запретив местным племенам использовать места, предназначенные для ловли рыбы. Для того, чтобы индейцы могли получить возможность проплыть по реке, им приходилось дать в качестве платы крупную шкуру, что, разумеется, совсем их не радовало, поскольку в противном случае они не могли наловить рыбы, что грозило им страшным голодом. Кроме того, колонисты не гнушались забирать детей у местного населения и использовать их для работ под предлогом обучения в одной из школ. Что касается взрослых, то за работу, которую они выполняли для колонистов, они не получали, как правило, вообще ничего. Разумеется, установлению добрососедских отношений это отнюдь не способствовало.
Последней каплей была прямая угроза убить некоторых представителей местного племени, которое проживало на Якутате всегда, и это было необходимо заметить, очень опрометчиво. Заручившись поддержкой тлинкитов, якутатские племена двинулись на крепость. Помимо тлинкитов их, вероятно, поддерживало еще одно племя, а именно каюры. Точной хроники тех событий не сохранилось, однако доподлинно известно одно – что все население Якутатской крепости было вырезано почти подчистую, спастись удалось только шестерым. Именно от них и стало известно об этой истории в Новоархангельске, однако без подробностей.